扫描电镜是用电子打在样品上，用电子束成像。这主要是因为电子的波长小，光的波长在400到700纳米量级，而电子的波长公式是 lambda=h/(mv)，一般用的电压是80kV 到 300kV，电子的波长就是在0.01纳米左右，和原子的大小接近。更短波长的好处，是可以观测到更小尺寸的东西，否则会因为波的衍射和干涉无法分辨。通常看到的生物样品，和高倍昆虫图片，是用扫描电镜拍到的，实际上这是电子显微镜中放大倍数低的，纯科普的。这些其实还可以用光学显微镜看。我们说的「颜色」是可见光的颜色，对于电子来说，它不是光，因此没有颜色一说。因此样品成像无颜色
扫描电子显微镜目前广泛的用途是看电子元件，像CPU现在都是25纳米制程，这些的检查都是用高分辨率的扫描电镜。还有一些生物样品，比如骨头断面组织之类也会用到扫描电镜。还有纳米线的形貌像（外观）。
扫描电镜方法：
扫描电镜方法是利用扫描电镜对样品的结构和性能进行分析的方法。扫描电镜的基本部件有透镜系统、电子枪、电子收集器、观察和记录影像的阴极射线管等。其基本原理是用极细的电子束在样品表面上扫描，然后按电视原理放大成像，显示在电视屏幕上。
当电子轰击样品表面时会产生各种信号，其中包括二次电子、背散射电子和不同能量的光子等。这些信号来自样品的特定发射区域，它随表面形貌的不同而变化。从而可以获得样品的成份、表面形貌、晶体结构等信息。扫描电镜的特点之一是，用它检验大块样品时能获得高的分辨率，商品仪器可达50埃，专用仪器可达25埃。特点之二是，利用扫描电镜的大景深可获得样品的三维形态。这对生物学、医学等特别有价值。
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